جمعیت علمائے اسلام کے تمام دھڑے سنی حنفی دیوبندی مکتب فکر سے تعلق رکھتے ہیں۔ ان سے وابستہ مذہبی مدارس بھی اسی مکتب فکر سے متعلق ہیں۔ جبکہ جمعیت علمائے اسلام کے نام میں اس امر کیطرف کوئی اشارہ نہیں پایا جاتا۔ جماعت اسلامی کا دعویٰ ہے کہ وہ کسی مکتب فکر کی نمائندہ نہیں ہے۔ اسکے لٹریچر میں بھی فرقہ واریت کے بجائے اتحاد امت کا ذکر زیادہ ہے، لیکن خارجی حقیقت یہ ہے کہ غالب طور پر اس میں دیوبندی مکتب فکر سے تعلق یا اسکی طرف رجحان رکھنے والے افراد پائے جاتے ہیں۔